近年部分地区CV-A6有增多趋势，主要从以下几个方面鉴别CV-A6型和其他型。

（1）皮疹分布更广泛，更密集。

分布于上臂、大腿、躯干和胸背部等，并且皮疹密集，多为大疱样皮疹，且伴有瘙痒、疼痛感。

传统型手足口病疱疹主要出现在手、足、口部位，胸前、后背很少，因此，新型手足口病易被误诊、漏诊。

（2）脱甲。

约30%的CV-A6型手足口病患儿在恢复期病程2-4周后会出现脱甲，而其他病原体脱甲的比例则不足5%。

（3）皮疹壁薄，更容易溃破。

CV-A6型手足口病皮疹早期表现为皮肤颜色的米粒大小丘疹，周围略有红晕，随后疱疹很快增大，形成薄壁疱疹，部分皮疹可以融合，随病程进展会出现疱疹破溃。

普通型手足口病皮疹不易溃破。

（4）结痂。

CV-A6引起的手足口病治愈后可留下硬痂，而其他病毒引起的手足口病愈合后一般不会留痂。

（5）部分患者可不出现皮疹，而仅有发热、咳嗽等上呼吸道感染的症状。

（6）重症比例小。

CV-A6病毒感染的手足口病，因为皮疹严重看起来更为凶险，但事实上，CV-A6病毒一般不会伤害循环系统和神经系统，因此引起的重症比例反而比EV-71及CV-A16病毒的感染性要小。