（一）病原治疗
1、舒拉明钠 为非金属有机化合物，对早期（中枢神经系统被侵犯前）的两种非洲锥虫病皆有效。每次剂量20mg/kg，1次最大剂量不超过1g，溶于10ml注射用水作静脉注射。为防止高敏反应，首次剂量为0.1～0.25g，如无反应，第3日予以0.5g、第5日1g，以后每5～7天给药1g，总剂量7g.本品对肾脏有刺激性，可产生蛋白尿、管型尿等，不宜用于肾病病人。此外尚有皮疹、药物热，周围神经炎、白细胞减少等。
2、戊烷脒 对早期冈比亚锥虫病有极好疗效，对罗得西亚锥虫病疗效不满意。采用新鲜配制的10％溶液作肌肉注射，首次剂量为25mg（盐基），以后每次剂量为3～4mg/kg，每日或隔日注射1次，连续8～10次。注射后可有面部潮红、头痛、心悸、胸闷、腹痛、荨麻疹等副作用，大剂量可引起肾损害，偶有低血糖反应。静脉注射可致血压突然下降，故不使用。
3、美拉胂醇 为三价砷制剂，对两种锥虫病的各期皆有效，因毒性较大，仅用于晚期病人。采用3.6％本品丙二醇溶液作静脉注射。首3天每日分别注射0.5、1.0和1.5ml；休息5～7天后，每日注射2.5ml，连续3天；休息7天后连用3天，每日3～5ml；最后休息7天后，每日注射5ml，连续3天。总剂量一般不超过35ml.本品主要副作用为"砷剂脑病"，可能为赫氏反应；因此宜先用舒拉明钠或戊烷脒2次，同时应用肾上腺皮质激素或硫唑嘌呤可使反应减轻或减少。脑病一旦出现，即中止治疗，予以对症处理后，一般数天内即可恢复，然后再继续治疗。出血性脑病虽罕见，但一旦出现病死率极高，表现为突然昏迷伴鼾声呼吸和过高热。本品在少数病人也可引起中毒性肝炎、肾炎、剥脱性皮炎、白细胞减少等。
4、依氟鸟氨酸  对早晚期的两种锥虫病皆有效。为防止发生过敏反应，应用本品前先给予100mg的舒拉明钠，次日，第3，7，14及21日各静脉注射本品1g.儿童每次剂量为20mg/kg.
5、IMOL881正在进行研究的新药IMOL881对感染人和几种动物的锥虫皆有较强活性，其毒性低，治疗指数高（＞100），初步动物治疗观察有临床试用价值。
（二）一般治疗

对晚期锥虫病人应注意一般情况的支持，加强营养，予以维生素、铁剂等。治疗期间同时服用肾上腺皮质激素有一定辅助效果。治疗结束时，治疗后6个月和12个月应复查脑脊液，以确定是否痊愈。