由于感染HIV的儿童免疫系统不完善，容易发生各种感染，从而引发复杂、严重或周期性的疾病，免疫接种可使儿童能够抵抗感染。出现症状及中、重度免疫抑制的儿童与处于疾病早期的儿童相比，免疫接种的效果会差一些。另外，如果出现严重免疫抑制剂的儿童接种活疫苗，则他们可能会患疫苗相关致病。
无症状的HIV感染儿童和/或轻度免疫抑制的儿童应根据国家免疫规划定期接种疫苗。另外，HIV感染儿童如果同时感染麻疹，会导致很高的发病率和死亡率，所以这些儿童在6个月大时要提前接种麻疹疫苗，并且在9-12个月时再次补种。
出现症状和/或中、重度免疫抑制的HIV感染儿童应避免接种减毒活疫苗，比如卡介苗（BCG），口服脊髓灰质炎疫苗（OPV）、麻疹、腮腺炎、风疹三联疫苗（MMR），黄热病疫苗和水痘疫苗。
