华支睾吸虫的危害性主要是患者的肝脏受损。病变主要发生于肝脏的次级胆管。成虫在肝胆管内破坏胆管上皮及黏膜下血管，虫体在胆管寄生时的分泌物、代谢产物和机械刺激等因素可引起胆管内膜及胆管周围的超敏反应及炎性反应，出现胆管上皮增生及胆管局限性的扩张，扩张多成圆柱形或囊状。受累胆管多呈腺瘤样改变，感染严重时在门脉区周围可出现纤维组织增生和肝细胞的萎缩变性，甚至形成胆汁样肝硬化。由于胆管壁增厚，官腔相对狭窄和虫体阻塞胆管，引起胆汁流通不畅，往往容易合并细菌感染，可出现胆管炎、胆囊炎、阻塞性黄疸或胆管肝炎。

胆汁中可溶性的葡萄糖醛酸胆红素在β-葡萄糖醛酸苷酶作用下变成难溶性的胆红素钙，这些物质可与死亡的虫体碎片、虫卵、胆管上皮脱落细胞形成胆管结石。因此华支睾吸虫感染常并发胆管感染和胆石症，胆石的核心往往可找到华支睾吸虫卵。

华支睾吸虫病的并发症和合并症很多，其中较常见的有胆囊炎、胆管炎、胆结石、肝胆管梗阻和胆管肝炎等。成虫偶尔寄生于胰腺管内，可引起胰管炎和胰腺炎。

此外，华支睾吸虫的感染还可引起胆管上皮细胞增生而致胆管癌，主要为腺癌。