1727年俞茂鲲《痘科金镜赋集解》记载，明隆庆年间（1567年～1572年）安徽太平县首创种痘法。张璐《医通》（1695年）记载痘衣、痘浆、旱苗等法，并指出其“始自江右，达于燕齐、近者遍行南北”。此法后传至欧洲各国，导致牛痘接种的发明。经过几个世纪的努力，1979年世界卫生组织宣布已在全世界消灭了天花病。
中国的“人痘”法，传入欧洲后变为“牛痘”法，并于1805年回传入中国。不过因药品价格过高，这类医疗措施只能做重点示范，离全国普及尚远。1919年3月，北洋政府成立中央防疫处，地址在天坛，它是我国历史上第一个国家卫生防疫和血清疫苗生产研究专门机构。1928年，中央防疫处隶属于南京国民政府。中央防疫处成立后，宗旨系以防疫为主，研制和生产霍乱菌苗、牛痘苗、巴氏狂犬疫苗、结核菌素、白喉抗毒素、百日咳菌苗、鼠疫菌苗、肺炎菌苗等。民国政府在一些省市设置卫生试验所，从事疫苗生产。民国时生产疫苗的私人厂家不多。
新中国成立后，全国普种牛痘苗，先后开展了卡介苗（BCG）、白喉类毒素(DT)、百日咳疫苗和百白破混合制剂(DPT)的接种。卫生部发布《种痘暂行办法》（1950年）、《接种卡介苗暂行办法》（1954年）、《卡介苗接种工作方案》（1957年）。在接收原民国中央防疫处和西北防疫处的基础上，中国扩建和新组建了卫生部六大生物制品研究所，分片包干六大行政区的流行性传染病的预防和控制，负责疫苗的研究和生产。当时的六大行政区为：东北区、华北区、西北区、西南区、中南区和华东区。1959年，昆明成立了中国医学科学院医学生物学研究所，主要研究生产脊髓灰质炎疫苗。建国初期还有一个大连生物制品研究所，后来被撤销。建国后的六大研究所包括：长春生物制品研究所、北京生物制品研究所、兰州生物制品研究所、成都生物制品研究所、武汉生物制品研究所和上海生物制品研究所。1962年，卫生部发布《种痘办法》，1963年发布《预防接种工作实施办法》，在广大城市对免疫对象按免疫程序进行四种疫苗（卡介苗、脊灰糖丸、百白破、麻疹）的适时接种，在农村则主要开展冬春季的突击接种。
1978年，卫生部下发《关于加强计划免疫的通知》，正式规范开展计划免疫。痨病是结核病的俗称，卡介苗是两位法国细菌学家卡默德和介兰在20世纪初发明的。中国卡介苗的接种始于1933年，由王良医生从法国引入，他在重庆建立起中国第一个卡介苗实验室，开启了中国研究培育卡介苗的先河。
1986年6月20日，经国务院批准，由卫生部、国家教育委员会、全国妇联、广播电影电视部、经济贸易部、国家民委联合发布通知，成立全国儿童计划免疫工作协调小组和每年4月25五日开展全国儿童预防接种日活动，其近期目标是实现国家“七五”计划提出的1990年争取“使全国免疫接种率达到85%以上”的目标。八九十年代，政府对小儿麻痹症的预防非常重视，很多领导人，包括江泽民、李鹏、朱镕基、李瑞环等人都曾到北京市幼儿园给孩子们喂“糖丸”。上世纪60年代开始，脊灰减毒活疫苗（糖丸）在我国广泛推广使用，在阻止脊灰流行方面起到非常大的作用。
2007年，卫生部下发《扩大国家免疫规划实施方案》，在6种国家免疫规划基础上，增加4种疫苗，预防15种传染病。 “糖丸”（脊灰减毒活疫苗）或（OPV），半个世纪以来，保护了几代人免受脊灰病毒的侵略。在50年之前的中国，每年有20000——43000名儿童患上脊髓灰质炎（“小儿麻痹症”）。经过多年的计划免疫和强化免疫，1995年，中国已无本土脊灰野病毒病例。2000年，经过严格的认证，世界卫生组织终于证实我国实现了无脊灰目标。2016年，根据世界卫生组织策略，中国从2016年5月1日开始用脊灰灭活疫苗（IPV）替代1剂次脊灰减毒活疫苗（OPV）。
